Etter å ha krasjet på et ukjent planet, møter Captain Olimar de sjarmerende, men tøffe vesenene kalt Pikmin. Bruk de underlige kreftene deres til å løse puslespill og samle Sparklium for å tanke Captain Olimars skip, S.S. Dolphin 2. En verden fylt med spennende oppdagelser og fiendtlig dyreliv venter deg!
Pikmin følger som vanlig Olimar rundt, og du trykker bare på pekeskjermen der du ønsker å kaste dem. De vil begynne å jobbe for deg med en gang ved å flytte gjenstander, bekjempe vesener eller bære med seg skatter til målet. Som alltid er røde Pikmin immune mot ild, blå Pikmin elsker vann og gule Pikmin kan kastes høyt i været og er immune mot elektrisitet.
Spillet handler om deg og de fargerike vennene dine samt en rekke utfordrende oppgaver som bare kan beskrives som et eventyr! I motsetning til tidligere spill i serien er dette et actionspill som får deg til å tenke kjapt og bruke hver eneste Pikmin til å overkomme alt som står i din vei.