I de nye versjonene av det populære fotballrollespillet er målet ditt intet mindre enn å vinne Fontier International Championships og bli kåret til verdens beste lag! Men for å klare dette må du sette sammen en formidabel og unik lagoppstilling. Med over 2000 spillere å møte og rekruttere vil nemlig kun det sterkeste og best balanserte laget lede til seier, spesielt siden det finnes over 350 spesialmanøvre som man må ta hensyn til!
Spillet bringer tilbake den unike blandingen av rollespillelementer og spennende, fotballbasert action, men denne gangen kan du også nyte spenningen i 3D! Nye funksjoner i aksjon på banen inkluderer evnen til å rulle ut spesielle taktikker som involverer hele laget, samt et kjedesystem hvor du kan sette sammen spesielle manøvre fra forskjellige spillere for å sende kraftige angrep mot mål. Utenfor banen, for å finne de beste av de beste, kan du nå også benytte deg av en slags automat for å finne de perfekte spillerne til laget ditt!
Spillet krever ett spillkort per spiller i flerspiller.
Inazuma Eleven 3 finnes i to ulike versjoner: Bomb Blast og Lightning Bolt. Det som først og fremst skiller spillene er karakterene de følger, samt hvilke motstandere disse karakterene møter.