I dette spillet, som er den femte tittelen i den populære rollespillserien, må Paper Mario skape et superstjernelag for å bekjempe det eneste som er mer truende for Mushroom Kingdom enn én Bowser: to av ham!
Når Luigi tilfeldigvis åpner en mystisk, bortgjemt bok i Prinsesse Peach sitt slott, får han mer enn han hadde regnet med når karakterer fra Paper Mario-universet velter ut av sidene og begynner å gå amok. I dette eventyret må spillere ta kontroll over en fabelaktig trio som består av Mario, Luigi og Paper Mario for å bekjempe Bowser og Paper Bowser, og ikke minst få Paper Mario-karakterene tilbake til deres opprinnelige verden.
Med Paper Mario på laget har Mario og Luigi enda flere måter å utforske omgivelsene på, løse puslespill og bekjempe fiender – som er dumme nok til å tulle med brødrene. Før første gang i serien kan spillere bruke trio-angrep så vel som Paper Marios unike kopievne, som lar ham lage duplikater av seg selv. Paper Mario har også andre unike ferdigheter, som evnen til å gli gjennom bittesmå sprekker til områder som er utilgjengelige for de tredimensjonale brødrene hans.
Mario & Luigi: Paper Jam Bros. introduserer også såkalte “Paper Craft Battles”, hvor spillere må bekjempe Bowsers hær med kraften av dans! Heltene våre må danse med en gigantisk, tredimensjonal Mario-figur laget av papp og bruke den til å beseire Bowsers minst like gigantiske pappfigurer.
Battle Cards er samlekort i spillet som gir deg forskjellige fordeler i kamp, slik som kraftigere angrep, flere mynter eller kort som gjør kampen lettere. I tillegg vil amiibo-figurer av Mario, Luigi, Peach, Yoshi, Bowser og Toad være kompatible med spillet, og disse vil låse opp spesielle og enda mektigere Battle Cards.