Velg én av 20 forskjellige Pokémon som du forvandles til før du setter ut på en reise hvor du vil støte på alle hittil kjente Pokémon, inkludert legendariske og mytiske Pokémon. Med hjelp av din trofaste Pokémon-partner må du finne sannheten bak en fryktelig hendelse, som blant annet involverer at Pokémon blir forvandlet til stein, og sette en stopper for den!
Som en Pokémon er hjemmet ditt Serene Village, som vanligvis er et fredelig og rolig sted, men det tar ikke lange tiden før du og partneren din reiser av gårde for å bli med i Expedition Society, en gruppe som utforsker og kartlegger verden, og begynner å reise til mystiske grotter fulle av Pokémon.
Grotter er farlige steder, fylt med feller, brytere, omgivelsesfunksjoner slik som innsjøer og elver, og naturligvis Pokémon. Det finnes også mange belønninger som venter de som klarer å komme seg gjennom grottene. Men om du besvimer må du kanskje reise helt tilbake til grottens start, samtidig som du mister alle gjenstandene og pengene du har funnet!
Ingen av turene gjennom disse grottene er like: alt fra oppsettet til hvor Pokémon befinner seg blir tilfeldig generert hver gang du starter. Et kart på pekeskjermen fylles ut automatisk mens du utforsker hvert nivå i grottene slik at du vet om du har vært et sted tidligere eller ikke.
I Pokémon Mystery Dungeon-spillene skjer hver manøver en etter en: når du beveger deg en rute, bruker en gjenstand eller angriper, så vil alle andre Pokémon gjøre sine egne handlinger på omgang. Dersom du ikke beveger deg, så vil heller ingen andre gjøre det, og nøkkelen er å gå forsiktig og tenke nøye over hver manøver og forberede seg til kamp når som helst! Bruk dine rundebaserte strategier i kamp og kombiner angrep i en allianse hvor tre av dine Pokémon angriper samme vanskelige Pokémon samtidig i én runde!
En nyhet i dette spillet er introduksjonen av Connection Orb, et gigantisk, galakse-lignende kart som setter deg i kontakt med andre Pokémon og deler ut nye oppdrag som du kan fullføre. Denne nye funksjonen gjør det mye lettere å finne og komme i kontakt med andre Pokémon, og så snart du har blitt venn med nye Pokémon vil de slå seg sammen med deg i kamper for å slippe løs spektakulære angrepskombinasjoner som ofte kan utgjøre forskjellen mellom seier og nederlag. Ved å oppfylle visse betingelser i grottene, så vil nemlig dine Pokémon gjennomgå en prosess kalt “Awaken”, noe som kraftig øker ferdighetene deres og får noen Pokémon til å megautvikle seg!
Let etter nyttige gjenstander som er spredd rundt om i grottene og vil være nyttige i kampene. Noen vil kanskje helbrede dine Pokémon-venner, mens andre kan kastes på motstanderne. Det finnes også spesielle gjenstander kalt “looplets” som Pokémon kan holde. I disse looplets kan du feste på “emeras” som du finner i grottene, og disse vil gi dine Pokémon forskjellige bonuser. Bare vær oppmerksom på at emeras forsvinner straks du går ut av en grotte.
Dersom alle dine Pokémon skulle besvime i en grotte, så kan du påkalle en venn til å hjelpe deg! Send ut et nødrop slik at andre spillere kan komme deg til unnsetning. Dersom et redningslag når deg, så vil du kunne fortsette på reisen uten å miste noen av gjenstandene dine! Spillet støtter også StreetPass hvor du kan rekruttere en hjelper-Pokémon fra de du går forbi på gaten.